治疗衣原体感染的药物选择需要综合多方面因素考虑，以下是一些常用的药物：

四环素类药物是治疗衣原体感染的常用药物之一。例如四环素、多西环素、米诺环素等。四环素类药物可以特异性地与细菌核糖体30S亚基的A位置结合，阻止氨基酰－tRNA在该位上的联结，从而抑制肽链的增长和影响细菌蛋白质的合成，对衣原体有较好的抑制作用。多西环素口服吸收良好，抗菌谱广，对衣原体感染疗效显著，一般成人首剂0.2g，以后每12小时 0.1g，疗程通常为7 - 14天。米诺环素抗菌活性强于四环素，脂溶性高，组织穿透性好，在前列腺等组织中浓度较高，可用于治疗泌尿生殖道衣原体感染。

大环内酯类药物也常用于衣原体感染的治疗。如红霉素、阿奇霉素、克拉霉素等。红霉素是最早应用于临床的大环内酯类抗生素，它能与细菌核糖体的50S亚基结合，抑制细菌蛋白质合成。不过其胃肠道反应相对较明显。阿奇霉素具有半衰期长、组织浓度高的特点，用药方便，一般单剂1g顿服或0.5g每日一次，连服3天。克拉霉素对酸稳定，口服吸收迅速完全，抗菌活性比红霉素强，不良反应相对较少。

氟喹诺酮类药物同样可用于治疗衣原体感染。像左氧氟沙星、莫西沙星等。这类药物主要是通过抑制细菌DNA旋转酶（细菌拓扑异构酶Ⅱ）的活性，阻碍细菌DNA复制而达到杀菌、抑菌的目的。左氧氟沙星抗菌活性强，口服吸收完全，生物利用度高，一般成人常用量为一次0.5g，一日1次，疗程7 - 14天。莫西沙星对衣原体的抗菌活性也较好，且不良反应相对较少。

在选择药物时，医生会根据患者的具体情况如年龄、病情严重程度、是否有基础疾病、药物过敏史等综合考虑，以制定最合适的治疗方案。同时，治疗过程中还需密切观察患者的症状改善情况和药物不良反应，必要时调整治疗方案。