中枢免疫器官又称初级免疫器官，是免疫细胞发生、分化、发育和成熟的场所，对机体的免疫系统的建立和功能发挥起着至关重要的作用。主要包括胸腺和骨髓，在禽类还有法氏囊。

胸腺是T淋巴细胞分化、发育、成熟的场所。它位于胸腔纵隔上部、胸骨后方，由左右两叶组成。胸腺的结构随年龄增长而有明显改变，幼年时期胸腺相对较大，青春期后逐渐萎缩，老年时基本被脂肪组织所取代。胸腺微环境对T细胞的分化、增殖和选择性发育起着决定性作用。骨髓基质细胞及其所分泌的细胞因子与细胞外基质共同构成了造血微环境，为造血干细胞的分化发育提供了必要的条件。在胸腺内，未成熟的T细胞经历阳性选择和阴性选择过程。阳性选择使T细胞获得识别自身MHC分子的能力，阴性选择则清除对自身抗原具有高亲和力的T细胞，从而保证了T细胞的自身耐受性。

骨髓是各类血细胞和免疫细胞发生及成熟的场所，是人体重要的中枢免疫器官。骨髓中的造血干细胞具有自我更新和分化成各种血细胞的能力。在骨髓微环境中，造血干细胞首先分化为多能造血干细胞，然后进一步分化为髓样干细胞和淋巴样干细胞。髓样干细胞可分化为红细胞、粒细胞、单核细胞等；淋巴样干细胞则可分化为T细胞、B细胞和NK细胞等。B细胞在骨髓中经历抗原非依赖的发育阶段，逐渐成熟。成熟的B细胞可离开骨髓，进入外周免疫器官，参与体液免疫应答。

法氏囊又称腔上囊，是禽类特有的中枢免疫器官，位于泄殖腔后上方。法氏囊是B淋巴细胞分化、发育和成熟的重要场所。在禽类胚胎发育早期，造血干细胞迁移至法氏囊，在囊内微环境的影响下，分化发育为成熟的B细胞。法氏囊在禽类的免疫系统发育中起着关键作用，若在幼禽出壳后不久将法氏囊切除，会导致其体液免疫功能严重受损。

中枢免疫器官通过各自独特的结构和功能，为免疫细胞的发生、分化和成熟提供了适宜的环境，是机体免疫系统正常运转的基础。