口腔黏膜上皮主要分为复层鳞状上皮，根据部位和功能的不同，其分层情况有所差异，一般可分为四层或五层。

在咀嚼黏膜（如牙龈和硬腭黏膜）等部位，上皮具有五层结构。最底层是基底层，它位于上皮的最下方，借基底膜与固有层相连。基底层细胞呈立方形或矮柱状，核圆形，染色深，具有活跃的分裂能力，能不断分裂增殖，为上皮的更新提供新细胞，对上皮的修复和再生起着关键作用。

基底层上方是棘层，细胞体积较大，呈多边形，细胞间桥明显。细胞间桥是细胞间的连接结构，它增强了细胞之间的连接紧密性，使上皮组织更加稳固。棘层细胞也具有一定的分裂能力，并且能合成和分泌一些物质，参与维持上皮的正常生理功能。

再往上是颗粒层，此层细胞扁平，胞质中含有嗜碱性透明角质颗粒。这些颗粒有助于细胞内的角蛋白形成，对于上皮的角化过程有重要意义。

颗粒层之上是透明层，这一层在咀嚼黏膜中较为明显，细胞界限不清，嗜酸性，折光性强，是细胞发生角化过程中的一个过渡阶段。

最表层是角化层，由数层角化的细胞组成，细胞已完全角化，呈扁平状，无细胞核，胞质中充满角蛋白。角化层具有保护深层组织的作用，能抵抗机械摩擦、化学刺激等外界因素的损伤。

而在非咀嚼黏膜（如唇黏膜、颊黏膜等），上皮一般只有四层，即基底层、棘层、颗粒层和表层。这里的表层细胞没有完全角化，称为不全角化层，其保护作用相对较弱，但具有一定的柔韧性，以适应口腔内的各种活动。总之，口腔黏膜上皮的分层结构与其所在部位的功能需求相适应，共同维持着口腔黏膜的正常生理功能。