CBCT即锥形束CT，MRI是磁共振成像，它们在口腔应用中存在多方面的区别。

在成像原理上，CBCT是利用锥形束X线束围绕人体进行旋转扫描，探测器接收穿过人体后的X线信号，经过计算机处理重建出人体内部的三维图像。而MRI则是利用原子核在磁场内共振所产生的信号经重建成像的一种检查方法，它基于氢原子核在磁场内共振所产生的信号经重建成像。

从成像特点来看，CBCT对硬组织的显示效果非常好，能够清晰地呈现牙齿、颌骨的形态、结构以及病变情况，如牙齿的根折、根尖周病变、颌骨的骨折、肿瘤等。它可以提供高分辨率的三维图像，帮助医生准确地了解病变的位置、大小和范围。而MRI对软组织的分辨能力较强，能够清晰地显示口腔内的肌肉、神经、血管等软组织的病变，如腮腺肿瘤、颞下颌关节紊乱病等。它可以多平面成像，从不同角度观察病变，对于软组织病变的诊断和分期具有重要价值。

在辐射剂量方面，CBCT使用的是X线，会产生一定的辐射，但辐射剂量相对较低。而MRI不使用X线，没有辐射危害，对人体较为安全，适合对辐射敏感的人群，如孕妇等。

在检查时间上，CBCT检查速度较快，一般几分钟就可以完成扫描。而MRI检查时间相对较长，可能需要十几分钟甚至更长时间，这对于一些不能长时间保持静止的患者来说可能会有一定困难。

在临床应用方面，CBCT主要用于口腔正畸、种植、牙体牙髓病、颌面外科等领域，帮助医生进行诊断和治疗计划的制定。MRI则更多地用于口腔颌面肿瘤、颞下颌关节疾病等软组织病变的诊断和评估。

综上所述，CBCT和MRI在口腔应用中各有优势，医生会根据患者的具体情况和检查目的选择合适的检查方法。