由于你没有明确指出“两者”具体是什么，我以口腔中常见的牙釉质和牙本质这两者为例来阐述它们的组织学差异。

牙釉质和牙本质在组织学上存在诸多不同。首先，从成分上看，牙釉质是人体中最硬的组织，其无机物含量高达96% - 97%，主要成分是羟基磷灰石晶体，有机物和水含量极少。而牙本质无机物含量约为70%，有机物含量约为20%，水含量约为10%。牙本质中的有机物主要为胶原蛋白，其中Ⅰ型胶原蛋白约占90%。

在微观结构方面，牙釉质主要由釉柱和釉间质组成。釉柱是细长的柱状结构，起自釉牙本质界，贯穿釉质全层，其走行方向反映了成釉细胞形成牙釉质时的移动轨迹。釉柱之间为釉间质，其矿化程度稍低。牙本质则由牙本质小管、成牙本质细胞突起和细胞间质构成。牙本质小管自牙髓表面向釉牙本质界呈放射状排列，越向表面越细且排列稀疏。成牙本质细胞突起位于牙本质小管内，细胞间质是矿化的间质，其中有胶原纤维。

在形成过程上，牙釉质由成釉细胞分泌形成，成釉细胞先分泌有机基质，然后进行矿化。牙本质由成牙本质细胞分泌形成，成牙本质细胞先形成有机基质，即前期牙本质，随后在其矿化前沿开始矿化。

在功能上，牙釉质主要起保护牙本质和牙髓的作用，能够承受咀嚼压力和摩擦力。牙本质除了支持牙釉质外，其中的神经末梢还能感受外界刺激，产生痛觉，并且在受到刺激时，成牙本质细胞可以形成修复性牙本质来保护牙髓。

综上所述，牙釉质和牙本质在成分、结构、形成过程和功能等组织学方面存在明显差异，这些差异决定了它们在口腔中各自独特的作用。