口腔内科学涵盖牙体牙髓病学、牙周病学、口腔黏膜病学等多个领域，不同疾病的治疗程序及方法存在差异，下面分别介绍常见疾病的治疗情况。

对于龋病，治疗程序首先是通过口腔检查、X线片等手段明确龋坏的部位、程度。对于浅龋和中龋，一般采用去净腐质后直接充填的方法，常用的充填材料有树脂等。操作时要注意隔湿，避免唾液污染窝洞影响充填效果。深龋接近牙髓时，可能需要先进行垫底，再进行充填。若龋病发展引起牙髓炎或根尖周炎，则治疗程序更为复杂。通常先进行开髓引流，缓解疼痛，然后进行根管治疗，包括根管预备、根管消毒和根管充填等步骤，最后再进行牙体修复，恢复牙齿的形态和功能。

牙周病的治疗首先是基础治疗，包括口腔卫生指导，让患者掌握正确的刷牙方法和使用牙线、牙缝刷等清洁工具。然后进行洁治术，也就是洗牙，去除牙齿表面的菌斑、牙石。对于有较深牙周袋的患者，还需要进行刮治和根面平整，清除袋内的感染组织和牙根表面的病变牙骨质。在基础治疗后要进行评估，如果效果不佳可能需要进行牙周手术治疗，如翻瓣术等，以彻底清除感染组织，促进牙周组织的修复和再生。同时，患者需要定期复查和维护，以防止疾病复发。

口腔黏膜病的治疗程序一般是先通过详细的病史询问、口腔检查以及必要的实验室检查等明确诊断。对于感染性口腔黏膜病，如疱疹性口炎，需要进行抗病毒治疗，可口服或外用抗病毒药物。对于复发性阿弗他溃疡，治疗主要是缓解疼痛、促进愈合和减少复发。可使用消炎、止痛、促进愈合的药物，如溃疡贴膜、含漱液等。同时，要注意调整患者的生活方式，避免精神紧张、保证充足睡眠、均衡饮食等。对于一些免疫相关的口腔黏膜病，可能需要使用免疫调节剂等进行系统治疗。

总之，口腔内科学的治疗需要根据具体疾病制定个性化的治疗程序和方法，以达到最佳的治疗效果。