克林霉素和庆大霉素是两类不同的抗生素，它们在抗菌方面存在多方面的区别。

首先是抗菌谱不同。克林霉素主要对革兰阳性菌有较强的抗菌活性，如金黄色葡萄球菌（包括耐青霉素菌株）、表皮葡萄球菌、肺炎链球菌、溶血性链球菌等革兰阳性球菌。此外，它对厌氧菌也有良好的抗菌作用，像脆弱拟杆菌、产气荚膜梭菌等。而庆大霉素属于氨基糖苷类抗生素，对革兰阴性菌作用较强，比如大肠埃希菌、克雷伯菌属、变形杆菌属、肠杆菌属等。同时，对某些革兰阳性菌如金黄色葡萄球菌也有一定的抗菌活性，但对链球菌属和肺炎链球菌的作用较差。

其次是抗菌机制不同。克林霉素主要作用于细菌核糖体的50S亚基，通过抑制肽链的延长来影响细菌蛋白质的合成，从而达到抗菌的目的。庆大霉素则是作用于细菌核糖体的30S亚基，阻碍细菌蛋白质合成过程中起始复合物的形成，还能引起密码错读，导致合成异常的无功能蛋白质，最终造成细菌死亡。

再者是临床应用有差异。克林霉素常用于治疗革兰阳性菌引起的呼吸道感染、皮肤和软组织感染，以及厌氧菌引起的腹腔感染、盆腔感染等。由于其在骨组织中浓度较高，也可用于治疗骨髓炎。庆大霉素主要用于治疗革兰阴性杆菌引起的败血症、呼吸道感染、尿路感染等。在肠道手术前，也常用庆大霉素进行肠道准备。

另外，它们的不良反应也有所不同。克林霉素的主要不良反应是胃肠道反应，如恶心、呕吐、腹泻等，严重时可能会引起伪膜性肠炎。庆大霉素的主要不良反应是耳毒性和肾毒性，可导致听力减退、耳鸣甚至耳聋，以及肾功能损害等。

综上所述，克林霉素和庆大霉素在抗菌谱、抗菌机制、临床应用和不良反应等方面都存在明显的区别。在临床用药时，需要根据患者的具体病情、病原菌类型等因素合理选择药物。