肝生物转化的第二相反应是指结合反应，是体内最重要的生物转化方式，结合物种类多样，具体介绍如下。

葡萄糖醛酸是最为常见的结合物之一。尿苷二磷酸葡萄糖醛酸（UDPGA）是葡萄糖醛酸的活性供体，在葡萄糖醛酸基转移酶的催化下，将葡萄糖醛酸基转移到含有醇、酚、胺、羧基等基团的非营养物质上，形成相应的葡萄糖醛酸苷。许多药物、毒物以及内源性物质如胆红素等都能通过这种方式进行结合转化，从而增加其水溶性，便于从胆汁或尿液中排出。

硫酸也是重要结合物。3 -磷酸腺苷 - 5 - 磷酸硫酸（PAPS）是活性硫酸供体，在硫酸基转移酶的催化下，将硫酸基转移到醇、酚、芳香胺类等物质上，生成硫酸酯。例如，类固醇激素、一些药物和酚类化合物等可通过硫酸结合反应进行生物转化。

乙酰基也是结合物。乙酰辅酶A是乙酰基的供体，在乙酰基转移酶的催化下，将乙酰基转移到芳香族胺类化合物上，形成乙酰化衍生物。磺胺类药物在体内的代谢主要就是通过乙酰化结合反应进行的，不过某些磺胺类药物经乙酰化后溶解度降低，在酸性尿液中容易析出结晶，可能会损害肾脏。

谷胱甘肽同样可作为结合物。在谷胱甘肽S - 转移酶的催化下，谷胱甘肽可与许多亲电子的外源性化合物如卤代化合物、环氧化物等结合，生成谷胱甘肽结合物，使其毒性降低并易于排出。

甲基可作为结合物参与反应。S - 腺苷甲硫氨酸（SAM）是甲基的活性供体，在甲基转移酶的催化下，将甲基转移到含氮、氧、硫等原子的化合物上，形成甲基化产物。一些胺类神经递质、药物等可通过甲基化进行生物转化。此外，甘氨酸可以和含羧基的外来化合物结合，生成相应的结合产物。