衣原体是一种特殊的细菌，它们介于病毒和细菌之间。衣原体没有能量代谢酶系统，不能进行独立的能量代谢，必须在活细胞内才能繁殖，这点类似于病毒。但它们又具有细胞壁，并且其细胞壁中含有的肽聚糖结构与革兰氏阴性菌相似，可以被抗生素所影响，这又是细菌的特征。因此，衣原体通常被归类为原核生物中的细菌界，是一种严格细胞内寄生的小型微生物。
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