在微生物学中，变形杆菌（Proteus）与其他肠杆菌科细菌的鉴别主要依赖于其独特的生物学特性。变形杆菌属主要包括三种致病菌：普通变形杆菌（Proteus vulgaris）、奇异变形杆菌（Proteus mirabilis）和摩根变形杆菌（Morganella morganii）。这些细菌与其它肠杆菌科细菌的主要区别包括：
1. 运动性：变形杆菌具有极强的运动能力，这主要归因于其周身鞭毛的存在。在固体培养基上，变形杆菌可以表现出扩散生长的现象，形成所谓的“迁徙生长”，而其他大多数肠杆菌科细菌则不具备这种特性。
2. 尿素酶试验：奇异变形杆菌和普通变形杆菌能够迅速分解尿素产生氨气，导致培养基pH值升高变碱性，使酚红指示剂由黄色变为红色。这一反应在许多其它肠杆菌中并不常见或需要更长时间才能完成。
3. 硫化氢生成试验：大部分变形杆菌可以产生硫化氢气体，在含铁盐的培养基（如三糖铁琼脂TSA）中，会形成黑色沉淀物。但并非所有肠杆菌科细菌都能产H2S，因此此试验结果需结合其他特征综合判断。
4. 葡萄糖酸盐利用：变形杆菌通常不发酵葡萄糖酸盐，而许多其它肠杆菌如大肠埃希菌等能够发酵该物质。
5. 酶活性差异：例如，奇异变形杆菌对苯丙氨酸脱氨酶试验呈阳性反应；普通变形杆菌则可能阴性。此外，某些特定的生化测试（比如赖氨酸脱羧酶、鸟氨酸脱羧酶等）也可以帮助进一步区分不同种类的肠杆菌。

在临床实验室中，通常会结合上述多种方法来准确鉴定分离株是否属于变形杆菌属，并与其他肠杆菌科细菌区分开来。