志贺菌感染的确诊主要依赖于实验室检测，具体步骤如下：
1. 样本采集：通常情况下，会从患者的新鲜粪便样本中进行采集。如果患者有腹泻症状，并且怀疑是志贺菌感染，那么及时、准确地收集粪便是非常重要的。
2. 直接涂片检查：将采集到的粪便制成涂片，在显微镜下观察是否有白细胞或红细胞存在，这可以作为初步判断依据之一。但这种方法不能直接确定是否为志贺菌感染。
3. 分离培养：使用选择性培养基如SS琼脂（Salmonella-Shigella Agar）或者麦康凯琼脂等进行细菌的分离和纯化。志贺菌在这些培养基上生长良好，形成特定形态的菌落，例如无色透明或半透明的小圆菌落。
4. 生化鉴定：对疑似志贺菌的菌株进行一系列生化反应测试，包括但不限于葡萄糖发酵、乳糖发酵、硫化氢产生等特性测定。通过这些实验可以进一步确认是否属于志贺菌属。
5. 血清学试验：利用已知的抗血清来检测未知菌株中的特异性抗原成分。这是最终确定菌种的重要手段之一，能够区分不同类型的志贺菌（如痢疾志贺菌、福氏志贺菌等）。
6. 分子生物学方法：随着分子技术的发展，现在也可以采用PCR等方法直接从临床样本中检测志贺菌的特异性基因序列。这种方法具有高灵敏度和快速的特点，在某些情况下可能比传统的培养法更为有效。

综上所述，确诊志贺菌感染需要结合多种实验室检查结果来综合判断。在实际操作过程中，应根据具体情况选择合适的检测方法，并严格按照相关标准执行。