新生儿先天性感染的免疫学检测方法主要包括以下几种：
1. 血清学检测：通过检测新生儿血液中特定病原体的抗体（如IgM、IgG）来诊断。先天性感染通常与特异性IgM抗体的存在有关，因为IgM是出生后首次遇到抗原时产生的主要免疫球蛋白类型，并且由于其分子量大，无法通过胎盘从母体传递给胎儿，因此新生儿血液中检测到的特定病原体IgM阳性结果可作为先天性感染的重要指标。
2. 分子生物学技术：利用PCR（聚合酶链反应）等方法直接检测病原体DNA或RNA。这种方法具有较高的敏感性和特异性，可以用于快速准确地诊断某些先天性疾病，如巨细胞病毒(CMV)、风疹病毒、单纯疱疹病毒(HSV)感染等。
3. 细胞免疫功能测定：通过流式细胞术等技术评估新生儿的T淋巴细胞亚群分布及活化状态，了解其细胞免疫状况。对于怀疑有免疫缺陷病导致易感先天性感染的情况尤为重要。
4. 抗原检测：某些情况下可以通过直接检测血液或其他体液中的病原抗原来辅助诊断。例如，使用ELISA（酶联免疫吸附试验）等方法测定弓形虫特异性抗原SAG1或HSV的gG/gD蛋白等。
5. 免疫荧光法和组织化学染色：当需要对特定组织进行病理检查时，可以采用这些技术来检测病原体的存在及其分布情况。例如，在脑脊液涂片中寻找隐球菌抗原来诊断新生儿先天性隐球菌感染。

以上各种方法各有优缺点，实际应用时应根据不同的临床需求选择合适的检测手段，并结合其他实验室和影像学检查结果综合判断。