流式仪免疫分析的基本原理涉及多个关键方面，它综合了光学、流体力学、电子学和计算机技术，能够对细胞或生物颗粒进行快速、准确的多参数分析。

首先是样本的制备，将待测细胞或生物颗粒制成单细胞悬液，并使用荧光标记的抗体与目标抗原特异性结合。这些荧光标记抗体可以针对细胞表面抗原、胞内抗原等不同类型的抗原进行标记，从而为后续的检测提供信号基础。

样本进入流式细胞仪后，在鞘液的包裹下，细胞或颗粒会形成单细胞液流，以稳定的速度逐个通过检测区域。这一过程依赖于流体力学原理，鞘液的作用是使样本中的细胞或颗粒排列成单列，确保每次只有一个细胞或颗粒通过检测区域，从而实现准确的单个细胞分析。

在检测区域，激光束会照射到细胞或颗粒上。细胞或颗粒上结合的荧光标记物在激光激发下会发出特定波长的荧光，同时细胞或颗粒还会产生散射光。散射光分为前向散射光（FSC）和侧向散射光（SSC）。前向散射光的强度主要反映细胞或颗粒的大小，而侧向散射光的强度则与细胞或颗粒的内部结构、颗粒的复杂程度等有关。通过对散射光的检测和分析，可以初步对细胞的大小和形态特征进行区分。

荧光信号的检测则是通过一系列的光学滤镜和探测器来完成的。不同的荧光标记物会发出不同波长的荧光，通过选择合适的滤镜，可以将不同波长的荧光信号分离出来，并由相应的探测器进行检测。探测器将荧光信号和散射光信号转换为电信号，这些电信号经过放大和数字化处理后，被传输到计算机中。

计算机软件对这些数字化信号进行分析和处理，根据荧光信号的强度和散射光的特征，对细胞或颗粒进行分类、计数和定量分析。例如，可以根据细胞表面抗原的表达情况，区分不同类型的细胞亚群，并计算出各亚群细胞的比例和数量。还可以对细胞内的蛋白质含量、核酸含量等进行定量测定。

流式仪免疫分析通过这种多参数的检测和分析方式，能够快速、准确地获取细胞或生物颗粒的大量信息，在免疫学研究、临床诊断、药物研发等领域都有着广泛的应用。