自动化荧光免疫分析是一种将免疫反应的特异性与荧光物质发光特性相结合的分析技术，其原理主要基于抗原 - 抗体反应以及荧光信号的产生和检测。

在自动化荧光免疫分析中，首先要利用荧光物质标记抗原或抗体。常用的荧光物质有异硫氰酸荧光素、藻红蛋白等。当标记的抗原或抗体与相应的抗体或抗原发生特异性结合后，就会形成抗原 - 抗体复合物。

在反应体系中，存在着竞争结合或非竞争结合两种模式。在竞争结合模式下，标本中的抗原和标记抗原竞争有限的抗体结合位点。标本中抗原含量越高，与抗体结合的标记抗原就越少。而非竞争结合模式则是先让标本中的抗原与过量的标记抗体结合，形成抗原 - 标记抗体复合物。

反应完成后，需要对未结合的标记物进行分离。这一步可以通过多种方法实现，如利用磁性微球、微孔板等进行分离。分离后，就可以对结合在复合物上的荧光标记物进行检测。

检测荧光信号的原理是基于荧光物质的特性。当荧光物质受到特定波长的激发光照射时，会吸收光能并跃迁到激发态，随后在极短时间内从激发态回到基态，同时发射出比激发光波长更长的荧光。自动化荧光免疫分析仪会配备激发光源和荧光检测系统。激发光源发出特定波长的光照射反应体系，使荧光标记物发出荧光，荧光检测系统则会收集并测量荧光的强度。

最后，根据荧光强度与抗原或抗体含量之间的关系，通过仪器内置的标准曲线或计算程序，就可以得出标本中待测物质的含量。这种分析方法具有灵敏度高、特异性强、检测速度快等优点，在临床检验中广泛应用于激素、肿瘤标志物、传染病病原体等的检测。