免疫分子是免疫系统发挥功能的重要物质基础，主要包括以下几类：

免疫球蛋白是一类具有抗体活性或化学结构与抗体相似的球蛋白，是体液免疫的关键分子。它有多种类型，如IgG、IgA、IgM、IgD和IgE。IgG是血清中含量最高的免疫球蛋白，具有抗菌、抗病毒、中和毒素等多种功能，还能穿过胎盘保护胎儿；IgA主要存在于黏膜表面，在局部免疫中发挥重要作用；IgM是个体发育过程中最早合成和分泌的抗体，在感染早期发挥重要的免疫防御作用；IgD功能尚不完全明确，可能与B细胞的活化、增殖和分化有关；IgE与Ⅰ型超敏反应的发生密切相关，在抗寄生虫感染中也有一定作用。

补体系统是存在于人和脊椎动物血清与组织液中的一组经活化后具有酶活性的蛋白质。补体可以通过经典途径、旁路途径和MBL途径激活，发挥溶解靶细胞、调理吞噬、介导炎症反应等多种生物学效应，在抗感染免疫、免疫病理损伤等过程中都起着重要作用。

细胞因子是由免疫细胞和某些非免疫细胞经刺激而合成、分泌的一类具有广泛生物学活性的小分子蛋白质。根据其功能可分为白细胞介素、干扰素、肿瘤坏死因子、集落刺激因子、趋化因子等。白细胞介素在免疫细胞的活化、增殖、分化以及免疫调节等过程中发挥重要作用；干扰素具有抗病毒、抗肿瘤和免疫调节等多种功能；肿瘤坏死因子能杀伤肿瘤细胞、参与炎症反应等；集落刺激因子可刺激造血干细胞和不同发育阶段的造血祖细胞增殖、分化；趋化因子能吸引免疫细胞定向迁移。

主要组织相容性复合体（MHC）分子在人类称为人类白细胞抗原（HLA）。MHC分子分为Ⅰ类和Ⅱ类，Ⅰ类分子广泛分布于所有有核细胞表面，主要参与内源性抗原的提呈，供CD8 T细胞识别；Ⅱ类分子主要表达于抗原提呈细胞表面，参与外源性抗原的提呈，供CD4 T细胞识别。MHC分子在免疫应答的启动、调节以及免疫细胞间的相互作用中起着关键作用。

此外，还有黏附分子，它是介导细胞间或细胞与细胞外基质间相互接触和结合的一类分子，