芽孢杆菌属是一大群需氧、能形成芽孢的革兰氏阳性大杆菌，其中部分菌种具有致病性，其致病机制较为复杂，下面以常见的炭疽芽孢杆菌和蜡样芽孢杆菌为例进行阐述。

炭疽芽孢杆菌是引起炭疽病的病原菌，其致病机制主要与其产生的毒素和荚膜有关。该菌产生的炭疽毒素由水肿因子、致死因子和保护性抗原三种成分组成。保护性抗原能与宿主细胞表面的受体结合，形成一种复合物，为水肿因子和致死因子进入细胞内创造条件。水肿因子进入细胞后可导致细胞内的腺苷酸环化酶激活，使细胞内的环磷酸腺苷水平升高，引起细胞的水分和电解质失衡，从而导致组织水肿。致死因子则能特异性地裂解细胞内的丝裂原活化蛋白激酶激酶，破坏细胞内的信号传导通路，导致细胞死亡。此外，炭疽芽孢杆菌的荚膜具有抗吞噬作用，能帮助细菌在宿主体内生存和繁殖，抵抗机体的免疫防御机制，使细菌得以在体内大量扩散，引起严重的感染。

蜡样芽孢杆菌可引起食物中毒和机会性感染。其致病机制主要与其产生的肠毒素有关。蜡样芽孢杆菌能产生两种肠毒素，即腹泻毒素和呕吐毒素。腹泻毒素是一种蛋白质复合物，它可以在小肠内与肠黏膜细胞上的受体结合，激活细胞内的腺苷酸环化酶或鸟苷酸环化酶，使细胞内的环磷酸腺苷或环磷酸鸟苷水平升高，导致肠黏膜细胞分泌功能亢进，大量水分和电解质进入肠腔，引起腹泻。呕吐毒素是一种小分子的多肽，它可以作用于呕吐中枢，刺激胃肠道神经末梢，引起呕吐反应。此外，在免疫功能低下的人群中，蜡样芽孢杆菌还可通过产生溶血素、磷脂酶等毒性物质，破坏宿主细胞和组织，引起局部感染和全身感染。

综上所述，芽孢杆菌属的致病机制主要包括产生毒素和具有抗吞噬等特殊结构，这些因素共同作用，导致了疾病的发生和发展。