细菌分类的主要依据包括多个方面，这些依据综合起来能准确地对细菌进行分类和鉴定。

首先是形态学特征，这是最直观的分类依据。细菌的大小、形状、排列方式等具有重要意义。例如，细菌的基本形态有球状、杆状、螺旋状等。球菌可根据其排列方式进一步分为单球菌、双球菌、链球菌、葡萄球菌等。杆菌的形态也有差异，有的是直杆状，有的稍弯，还有的呈棒状等。细菌的特殊结构如芽孢、荚膜、鞭毛等也是分类的重要参考。芽孢的有无、位置、大小等特征各不相同，有助于区分不同的细菌属种；荚膜的存在与否以及其化学组成等也能为分类提供线索；鞭毛的数量、着生位置等同样是分类的关键形态学特征。

生理生化特征也是细菌分类的重要依据。细菌对各种营养物质的利用能力不同，例如对糖类、蛋白质、脂肪等的分解和代谢产物各异。通过检测细菌能否发酵某种糖类产酸产气、能否分解蛋白质产生特定的代谢产物等生化反应，可以对细菌进行分类鉴定。像大肠杆菌能发酵乳糖产酸产气，而伤寒杆菌则不能发酵乳糖，这就是利用生化反应进行细菌区分的典型例子。此外，细菌的呼吸类型，如好氧菌、厌氧菌、兼性厌氧菌等，以及其产生的酶类，如氧化酶、过氧化氢酶等，也都是分类的重要指标。

遗传学特征在现代细菌分类中占据核心地位。细菌的核酸组成，特别是DNA的碱基组成（G Cmol%）具有种的特异性，不同种的细菌其G Cmol%含量不同，可作为细菌分类的一个重要参数。DNA - DNA杂交技术可以测定不同细菌之间DNA的同源性，同源性高的细菌亲缘关系密切，可归为同一类群。16S rRNA基因序列分析是目前细菌分类和鉴定的金标准，16S rRNA基因存在于所有细菌中，其序列具有高度的保守性和特异性，通过比较不同细菌16S rRNA基因序列的相似性，可以准确地确定细菌之间的亲缘关系和分类地位。

血清学特征也可用于细菌分类。细菌具有多种抗原成分，如菌体抗原、鞭毛抗原、表面抗原等。利用已知的特异性抗体与细菌抗原进行血清