基因对遗传变异的影响是多方面的，主要通过以下几种方式实现。

首先是基因突变。基因突变是基因结构的改变，它是遗传变异的根本来源。在DNA复制过程中，由于各种内外因素的影响，如物理因素（紫外线、X射线等）、化学因素（某些化学物质）以及生物因素（病毒等），可能会导致碱基对的增添、缺失或替换。例如，镰状细胞贫血就是由于血红蛋白基因中的一个碱基对发生了替换，使得原本正常的血红蛋白结构发生改变，红细胞形态也随之异常。这种基因突变产生了新的等位基因，从而导致了遗传性状的改变，为生物进化提供了原材料。

其次是基因重组。基因重组发生在减数分裂过程中，主要有两种类型。一种是减数第一次分裂前期，同源染色体的非姐妹染色单体之间发生交叉互换，使得同源染色体上的等位基因重新组合。另一种是减数第一次分裂后期，非同源染色体上的非等位基因自由组合。通过基因重组，生物可以产生多种多样的基因型，增加了遗传的多样性。比如在孟德尔的豌豆杂交实验中，不同性状的自由组合就是基因重组的结果，这使得子代在性状表现上更加丰富多样。

此外，染色体变异也与基因相关。染色体结构的变异，如缺失、重复、倒位和易位，会改变基因的数量和排列顺序。染色体数目的变异，包括个别染色体的增减和染色体组的倍数变化，同样会影响基因的表达和遗传信息的传递。例如，21 - 三体综合征就是由于患者细胞中多了一条21号染色体，导致基因剂量失衡，从而引发一系列的生理和发育异常。

综上所述，基因通过基因突变、基因重组和染色体变异等方式影响遗传变异，使得生物在遗传过程中表现出丰富的多样性，为生物的进化和适应环境提供了基础。