细菌命名采用国际细菌命名法规所规定的法则，主要是双名法，这一法则在细菌分类和鉴定中具有重要意义。

双名法由两个拉丁词或拉丁化的词组成。前面的一个词为属名，用名词表示，首字母要大写。属名是细菌分类中的一个较高层次的分类单元，它反映了细菌的一些共同特征和进化关系。例如，大肠杆菌所属的埃希菌属，其属名“Escherichia”就是以发现者的名字来命名的。后面的一个词为种名，用形容词表示，全部小写。种名描述了细菌的某些特征，如形态、生理特性、来源等。像大肠杆菌的种名“coli”就表明它主要来自于肠道。完整的细菌名称就是属名和种名组合在一起，例如大肠杆菌的学名是“Escherichia coli” 。

在实际应用中，细菌名称的书写还有一些规范。当第一次提到某一细菌时，属名和种名要写全；在后续的叙述中，如果不会引起混淆，属名可以缩写成第一个字母大写的形式。例如，第一次提到“Escherichia coli” ，之后可以写成“E. coli” 。

除了双名法，对于亚种等更低层次的分类单元，还会在种名之后加上亚种名，形成三名法。例如，“Salmonella enterica subsp. enterica” ，这里“Salmonella”是属名，“enterica”是种名，后面再次出现的“enterica”是亚种名。

遵循这些命名法则，能够使全球的微生物学家在交流和研究中对细菌的名称有统一的认识，避免因名称不规范而造成的误解和混淆，有利于细菌学研究的顺利开展和学术成果的准确传播。