IgM是血管内主要的抗传染性免疫物质。可通过激活补体系统发挥溶菌、溶细胞及中和病毒等免疫作用。由于IgM为五聚体结构，从理论上讲，它和相应抗原的结合价应为10价，但往往可能由于空间位置的影响，只表现为5价。尽管如此，IgM还是有较多的结合价能与相应抗原多点结合，故其凝集作用及在补体参与下的溶血作用可较IgG强1000倍，是一种高效能的抗体。IgM缺乏的患者，易出现革兰氏阴性菌引起的败血症或严重并发症。但其在血清中的含量只有G的十分之一，在体内持续的时间也较短(为IgG的1/4)，且不能在血管外发挥作用，因此从总的来看，它还不能象IgG那样起主力免疫的作用。

从生物的种系发生上看，IgM是最原始的抗体。在个体发育中，机体最先合成的抗体也是IgM，其后才相继出现IgG与IgA。如儿童初次接种脊髓灰质炎疫苗后，于接种后3天血清中即出现lgM，两周左右已达高峰，嗣后才逐渐下降，到2个月后血清中已不能测出。因此，在感染的早期，IgM起着先锋免疫的作用。临床上通过检测IgM型抗体，可作为某些传染病早期诊断及确定胚胎期感染的指标之gM的产生与抗原的性质有关。一般含脂多糖的颗粒性抗原，如对革兰氏阴性菌的内毒素及红细胞等产生的抗体即属于IgM。但IgM型抗体的合成不需由T淋巴细胞辅助。

在机体抗肿瘤免疫中，IgM起较重要的作用。IgM属于一种细胞毒性抗体，在有补体系统的参与下，可破坏肿瘤细胞。