在小肠中，多种酶参与了蛋白质的分解过程。这些酶主要来源于胰腺分泌的消化液和小肠自身的细胞分泌物。具体来说，涉及的主要有：
1. 胰蛋白酶（Trypsin）：这是一种从胰腺分泌出来的丝氨酸蛋白酶，能够特异性地在赖氨酸或精氨酸残基羧基侧的肽键处切割蛋白质分子。
2. 胰凝乳蛋白酶（Chymotrypsin）：同样是由胰腺产生的另一种丝氨酸蛋白酶，它倾向于在苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸等芳香族氨基酸残基的羧基侧切断肽链。
3. 弹性蛋白酶（Elastase）：这种酶也由胰腺产生，主要作用于较小的中性脂肪酸与甘油酯之间的酯键，但在蛋白质消化过程中也能对某些特定位置进行有限度的切割。
4. 羧基肽酶A和B（Carboxypeptidases A and B）：这两种酶也是从胰腺分泌而来，它们分别作用于羧基末端为疏水性和碱性氨基酸残基的多肽链上，逐个去除这些末端氨基酸。
5. 肠激酶（Enterokinase）或肠肽酶（Enteropeptidase）：由小肠粘膜细胞产生的一种蛋白酶，可以激活胰腺分泌出来的前体形式的胰蛋白酶原，使其转化为活性状态下的胰蛋白酶。
6. 氨基肽酶和羧基肽酶：这些是由小肠上皮细胞产生的表面酶，能够进一步分解已经部分水解的小分子多肽，直至产生单个氨基酸或二肽、三肽等更小的单位。

上述各种酶共同协作，在小肠内完成对食物中蛋白质的彻底降解过程。