乙脑即流行性乙型脑炎，是由乙型脑炎病毒引起的以脑实质炎症为主要病变的中枢神经系统急性传染病。乙脑病变最严重的部位是大脑皮质、基底核和视丘。

大脑皮质是人体神经系统的最高级部位，它掌控着众多重要的生理功能，如感觉、运动、语言、思维等。乙脑病毒侵袭大脑皮质后，会引发局部神经细胞的变性、坏死以及炎性细胞浸润。这会严重干扰大脑皮质正常的神经冲动传导和信息处理，导致患者出现意识障碍、惊厥、抽搐等症状。意识障碍可从嗜睡逐渐发展至昏迷，而且昏迷程度越深、持续时间越长，病情往往就越严重，预后也越差。惊厥和抽搐不仅会进一步加重脑缺氧，还可能引发呼吸衰竭等严重并发症，对患者生命构成极大威胁。

基底核是锥体外系的重要组成部分，主要负责调节肌肉的张力、协调运动等。当乙脑病毒侵犯基底核时，会破坏其正常的神经调节功能，致使患者出现不自主运动，如震颤、舞蹈样动作等。这些运动障碍会严重影响患者的日常生活和活动能力，降低生活质量。

视丘是感觉传导的重要中继站，所有的感觉信息（除嗅觉外）都要经过视丘才能传导到大脑皮质进行进一步的分析和处理。乙脑病毒对视丘的损害会干扰感觉信息的正常传导，患者可能会出现感觉减退、异常等症状，影响其对周围环境的感知和反应能力。

此外，乙脑病毒也会累及中脑、脑桥、延髓等部位，但相对而言，大脑皮质、基底核和视丘的病变通常最为严重。这些部位的严重病变是导致乙脑患者出现高热、抽搐、呼吸衰竭等严重临床表现以及高病死率和致残率的重要原因。