呼吸链生成ATP的机制主要通过化学渗透假说和底物水平磷酸化来实现，下面为你详细介绍。

化学渗透假说是解释呼吸链生成ATP机制的重要理论。在线粒体内膜上存在着呼吸链，它由一系列的电子传递体组成，包括复合体Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ等。当代谢物脱下的氢经呼吸链传递时，会使质子（H⁺）从线粒体基质跨过内膜向膜间隙转运。这是因为呼吸链中的某些复合体具有质子泵的作用，例如复合体Ⅰ、Ⅲ、Ⅳ在传递电子的过程中，能够将质子从线粒体基质泵到膜间隙。这样就导致膜间隙的质子浓度升高，形成了跨内膜的质子电化学梯度，包括质子浓度差和电位差。

质子电化学梯度中蕴藏着能量，质子有顺浓度梯度回流到线粒体基质的趋势。而内膜上存在着ATP合酶，它由F₀和F₁两部分组成。F₀形成一个质子通道，当质子通过F₀回流到线粒体基质时，释放出的能量驱动F₁催化ADP和Pi合成ATP。这种通过质子电化学梯度驱动ATP合成的方式称为氧化磷酸化，是呼吸链生成ATP的主要方式。

除了氧化磷酸化，还有底物水平磷酸化。在物质代谢过程中，有一些反应可以直接将代谢物分子中的能量转移给ADP生成ATP。例如在糖酵解和三羧酸循环中，都存在底物水平磷酸化反应。在糖酵解中，1,3 - 二磷酸甘油酸转变为3 - 磷酸甘油酸以及磷酸烯醇式丙酮酸转变为丙酮酸的过程中，都直接将高能磷酸键转移给ADP生成ATP。

综上所述，呼吸链生成ATP主要依靠化学渗透假说所阐述的氧化磷酸化过程，同时底物水平磷酸化也在一定程度上为细胞提供ATP，两种方式共同维持细胞能量的需求。