安徽中医学院研究生部于1978年开始招收研究生，安徽中医学院研究生部1981年成为硕士学位授予单位。现拥有硕士学位授权点18个，在校全日制研究生489人，外籍研究生10余名，并开展了在职人员以研究生同等学力申请硕士学位、安徽中医学院研究生部的临床医学专业学位及高校教师在职攻读硕士学位等多种途径的研究生培养和学位授予工作。