北京药师协会是服务于执业药师的非盈利性团体，从办会以来就有自己的北京药师协会宗旨。全体工作人员也以北京药师协会宗旨为工作具体准则。北京药师协会宗旨以马克思列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论和"三个代表"的重要思想为指导，全面落实科学发展观，坚持科学技术是第一生产力的思想，发扬行业指导，服务自律，协调监督作用，团结和组织广大执业药师（从业药师），实施科教兴国和可持续发展战略，促进药学科学技术的繁荣与发展、普及与提高，促进药学人才的成长，促进药学科学技术与经济的结合，保证药品质量和药学服务质量，代表和维护执业药师的合法权益，为发展药学科学，实现最广大人民群众的根本利益服务。