与短萼黄连（变种）（Coptis chinensis var. brevisepala W. T. Wang et Hsiao）相关的变种有：

黄连（Coptis chinensis Franch.）

三角叶黄连（Coptis deltoidea C. Y. Cheng et Hsiao. ）

峨眉黄连（Coptis omeiensis (Chen) C. Y. Cheng ）

五叶黄连（Coptis quinquefolia Miq. ）

五裂黄连（Coptis quinquesecta W. T. Wang ）

云南黄连（Coptis teeta Wall. ）