2011年5月，《自然》期刊发表研究报告指出，用皮肤干细胞制成的细胞组织，尽管是来自同一病患体内的细胞，都可能受到病患体内免疫系统的排斥，这项报告让干细胞治病的前景受到挫折。

研究人员是用与胚胎干细胞类似特点的皮肤细胞，制成诱发性多能干细胞(induced pluripotent stem cells，简称iPS细胞)。这种细胞理论上可变为神经、心脏、肝脏或其他器官的细胞，也可进行移植，修补受损的器官。

iPS细胞2007年最初制成时，科学家深感震撼，因为这种细胞具有胚胎细胞缺乏的两大优点，一是没有争议，无需毁坏人类胚胎；二是因用病患本身的皮肤细胞制成，所以应当不会受到免疫系统的排斥。

但第二个理论上的优点从未经过实际检验，直至圣地牙哥加州大学的华裔生物学家徐阳(Yang Xu，音译)和同事在试验中才发现，用老鼠皮肤制成的iPS细胞，在属性相同的老鼠体内受到排斥。

很多科学家也对这样的结果感到惊讶。高级细胞技术公司科学主管兰札说：「干细胞的临床应用前景更加黯淡了。」他说，在老鼠身上的试验，不清楚是否在人类身上也产生同样结果，但一些科学家认为，结果可能相同。

一些研究人员数月前指出，iPS细胞可能会产生多种形式的基因突变，最新的研究结果更使iPS细胞的应用前景失色。

波士顿儿童医院的干细胞移植计画主任戴利说：「这表明我们对干细胞的本质仍然不甚了解，任何新技术在初期阶段都是先表现得痴迷，然後才变得现实，我没料到会是这样的结果。」