口咽部易遭受病菌的侵袭而发炎，这些细菌可能是外界侵入的，亦可能隐藏于扁桃体隐窝内。正常情况下，由于扁桃体表面上皮完整和粘液腺不断分泌，可将细菌随同脱落的上皮细胞从隐窝口排出，因此保持着机体的健康。当机体因寒冷，潮湿，过度劳累，烟酒过度等原因造成抵抗力下降，细菌繁殖加强，扁桃体上皮防御机能减弱，腺体分泌机能降低时，扁桃体就会遭受细菌感染而发炎。临床上分为急性和慢性两种，扁桃体炎的致病原以溶血性链球菌为主，其他如葡萄球菌、肺炎球菌、流感杆菌以及病毒等也可引起。