生殖器官，准确的说，是指在复杂生物体上任何与有性繁殖及组成生殖系统有关的组织（严格意义上，不一定都属于器官）。

人类及大部分哺乳动物的生殖器官主要有：

男性（雄性）：阴茎、睾丸、附睾、阴囊、前列腺、精液、尿道球腺等

女性（雌性）：阴蒂、阴道、阴唇、子宫、输卵管、卵巢、前庭小腺、前庭大腺等

另外有相关的性器官一词，广义的说是指会带来性快感的器官。生殖腺是指产生配子的器官。在人类身上是指睾丸与卵巢。

植物的生殖器官

孢子植物孢子体的雌性生殖器官为颈卵器，雄性生殖器官为精子器。 种子植物的花、果实或种子。雄性生殖器官为雄蕊，雌性生殖器官为雌蕊。 但植物的繁殖不一定依赖这些器官或组织。