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病毒作用于心肌的方式是直接侵犯心肌以及心肌内小血管损伤。由免疫机制产生心肌损害在心肌炎的发病中起着重要作用。病毒的直接侵害和免疫反应介导致使心肌细胞损害，使心脏舒缩功能障碍；病变若累及窦房结、房室结、束支等起搏或传导系统，则可引发各种类型的心律失常。此外，本病还可能与硒缺乏及HLA类抗原异常表达有关。由柯萨奇B组病毒感染引起的心肌炎，最终约10%演变为扩张型心肌病。
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