闭经的原因在子宫。此时月经调节功能可正常，第二性征发育也往往正常，但子宫内膜对卵巢激素不产生正常的反应，从而引起闭经。称为子宫反应衰竭。如先天性子宫发有异常或无子宫、子宫内膜结核、内膜损伤、子宫内膜或子宫切除术后等。

原发性子宫性闭经的病因有：

（1）米勒氏管发育不全综合征。

（2）雄激素不敏感综合征医学教育网|搜集整理。

（3）对抗性卵巢综合征。

（4）低促性腺激素性腺功能减退：常见的为嗅觉缺失综合征。

（5）高促性腺激素性腺功能减退；常见的是特纳综合征。