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由于灭菌效果受多种因素的影响，所以在处理时必须加以监测。目前常用的方法有：
一、仪表监测
即依靠灭菌设备上的有关仪表，如温度计、压力计等进行控制，并通过自动记录仪记录备查。
二、化学指示剂
利用化学物质特征性的颜色或其他反应指示作用因子的强度和时间。
三、生物指示剂
直接用细菌的存亡来证明是否达到灭菌的要求。
四、程序监测
根据灭菌处理的程序作回顾性或前瞻性监测。
手术室工作中使用较多的是化学监测法，近年来化学指示剂的发展较快，既可指示作用的强度又可指示作用的时间，已广泛用于高压蒸气、环氧乙烷和甲醛熏蒸灭菌。有贴于包外的化学指示胶带或胶签，用于表示该物是否经过灭菌处理；也有放于包内中央的指示卡（管），用于表明包内物品是否达到灭菌要求。
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