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其危害性主要是患者的肝受损。虫体在胆道寄生时的代谢产物和机械刺激的结果。病变主要在肝的次级胆管。

感染初期病变并不明显。长时间重度感染后，胆管出现局限性扩张，管壁增厚。大量虫体可引起阻塞、胆汁滞留，如合并细菌感染可引起胆管炎和胆管肝炎。

慢性感染可有大量的结缔纤维组织增生，附近的肝实质可见明显萎缩。胆道分泌糖蛋白的增多，并附着于虫卵表面作为结石核心，起支架和粘附剂作用，促进胆红素钙的沉积，最后导致色素类结石（即肝内多发性结石）的出现。