不经C1、C4、C2,而由C3、B因子、D因子参与的激活过程，称为补体激活的旁路途径,又称第二途径或替代途径。激活物：某些细菌、革兰阴性菌的内毒素、酵母多糖、葡聚糖、凝聚的IgA和IgG4以及其它哺乳动物细胞。
激活途径：C3是启动旁路途径并参与其后级联反应的关键分子；
C3b可与B因子结合；C3bBb复合物即是旁路途径的C3转化酶,其中的Bb片段具有蛋白酶活性,可裂解C3。C3bBb极不稳定,可被迅速降解。血清中的备解素(properdin,P因子)可与C3bBb结合，成为C3bBbp即稳定的C3转化酶。C3bBb3b(或称C3bnBb)复合物即旁路途径的C5转化酶。
特点：
1、旁路途径可以识别自己与非己；若C3b沉积在自身细胞表面,可被调节蛋白迅速灭活,反之,若与微生物表面结合,则C3b可与B因子形成稳定的C3bB，进而形成具有酶活性的C3bBb。
2、旁路途径是补体系统重要的放大机制；医学教|育网|收集整理稳定的C3bBb复合物催化产生更多的C3b分子,后者再参与旁路激活途径，形成更多的C3转化酶。上述过程构成了旁路途径的反馈性放大机制，也称为C3正反馈。
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