细菌代谢所需能量主要是以生物氧化作用而获得的。物质在生物体氧化分解，释放能量的过程称为生物氧化。细菌的生物氧化很少有加氧反应，主要以脱氢和失电子的方式进行。脱氢反应是以某一基质（营养物）作为供氢体，经脱氢酶的作用使供氢体上的氢脱下，经许多中间递氢体（如辅酶Ⅰ、辅酶Ⅱ、黄素蛋白等）传递与转运，最后将脱下的氢送交给受氢体而完成。
不同类型的细菌在有氧或无氧条件下进行生物氧化，能利用不同类型的供氢体和受氢体。供氢体可分为有机或无机化合物，受氢体可分为分子氧、无机物和有机物。以分子氧或无机化合物（如N03-、S042-）为受氢体的生物氧化过程称呼吸，其中以分子氧为受氢体（或接受电子）的为需氧呼吸，以其他无机化合物为受氢体的属厌氧呼吸，如以有机物（如碳水化合物）为受氢体的则称发酵。大多数病原菌只通过需氧呼吸和发酵获得能量，它们不能利用简单的无机物医学|教育网搜集整理。
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