2006年日本呼吸协会制定的《社区获得性肺炎诊治指南》首次尝试推荐以临床特征为主的非典型肺炎和细菌性肺炎鉴别诊断标准（主要针对轻至中度肺炎），其中非典型肺炎诊断标准为：①年龄＜60岁；②无或仅有轻微的基础疾病；③顽固性咳嗽；④胸部体格检查无明显异常；⑤无痰或快速诊断试验未发现病原体；⑥外周血白细胞计数＜10×109/L.上述6条中满足至少4条应考虑为非典型肺炎，该标准敏感性77.0%，特异性93.0%；满足①~⑤至少3条应考虑为非典型肺炎，敏感性83.9%，特异性87.0%.
我国于1992年4月制定了《军团菌肺炎诊断标准》（试行）。主要诊断依据：①有发热、寒颤、咳嗽、胸痛等呼吸道症状；②胸部X线有炎症性阴影；③呼吸道分泌物、痰、血或胸腔积液在BCYE或其他特殊培养基上培养有该细菌生长；④呼吸道分泌物直接涂片荧光抗体检查阳性；⑤血IFA检查前后两次抗体效价呈4倍或以上增高（≥1:128），血试管凝集试验（TAT）检测前后两次抗体效价呈4倍或以上增高（≥1:160），血微量凝集试验（MAA）检测前后两次抗体效价呈4倍或以上增高（≥1:64）。
凡有①、②二项，并有③～⑤任一项者，可诊断嗜肺军团菌肺炎医|学教育网搜集整理。
对于IFA或TAT效价仅一次升高（前者≥1:256；后者≥1:320），同时临床和X线有肺部炎症表现的病例可考虑为可疑军团菌肺炎。
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