目前已知有300多种结构非常不同的真菌毒素，但人们关心的是危害最大的那些。下面的表格列出了一些主要的真菌毒素。
| 毒素 | 产毒菌 | 致病及症状 | 易携食品 |
| 黄曲霉毒素 | 黄曲霉（Aspergillus flavus）、寄生曲霉（A. parasiticus） | 肝癌，肝硬化，致畸，糙皮病 | 花生，粮食 |
| 麦角生物碱 | 麦角菌（Claviceps purpurea） | 麦角中毒 | 黑麦面包 |
| 赭曲霉毒素A | 赭曲霉（A. ochraceus）、纯绿青霉（Penicillium viridicatum）等 | 肾病，肠炎 | 粮食，花生 |
| 3-硝基丙酸 | 深酒色青霉医`学教育网搜集整理 （Penicilliumatrovenetum）、米曲霉（Aspergillus oryzae）、节菱孢（Arthrinium spp.） | 呕吐，脑部损伤，抽搐 | 甘蔗 |
| 展青霉素 | 棒曲霉（A. clavatus）、扩展青霉（Penicillium expansum）、丝衣霉（Byssochlamys）等 | 恶心，器官中毒（肝肾、肺等） | 水果 |
| 镰孢菌毒素 a）玉米赤霉烯酮 b）单端孢霉烯族化合物（如T2毒素） | 禾谷镰刀菌（Fusarium graminearum）等多种镰刀菌、木素木霉（Trichoderma lignorum）、梨孢镰刀菌（F. poae）、拟枝孢镰刀菌（F. sporotrichioides） | 雌激素亢进，流产，不孕皮肤黏膜损伤，中毒性白细胞缺少症 | 粮食 粮食 |
| 橘青霉素 | 各种青霉和曲霉 | 致畸 | 粮食和腐烂的西红柿 |
| 黄绿青霉素 | 黄绿青霉（P. citreoviride） | 肾毒性，脊髓麻痹 | 大米 |
| 杂色曲霉素 | 构巢曲霉（A. nidulans）、杂色曲霉（A. versicolor）等 | 肝癌 | 坚果类，粮食 |
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