吉林省中医药科学院始建于1958年10月，原名为吉林省中医研究所，1962年更名为吉林省中医中药研究所，1984年11月更名为吉林省中医中药研究院，2003年加挂吉林省中西医结合医院的牌子，2007年9月正式更名为吉林省中医药科学院。

近年来，省中医药科学院紧跟时代步伐，发展创新、大胆改革，投入大量资金搞建设、购设备医学教育网编辑整|理、引进人才，加大科研资金匹配和重点实验室建设，加强临床重点专科和信息网络建设，全面提升科研和医疗服务综合实力。目前已发展成为一所集科研、医疗、教学、生产四位一体的综合性中医药科研院所，也是我国中医药七大研究基地之一，并先后获得了"全国卫生系统先进单位"、"中医药科技管理先进集体"、"中国中西医结合先进单位"、"全省中医药工作先进单位"等荣誉称号。