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东南大学医学院坐落在历史文化名城南京市风光秀丽的玄武湖畔，原国立中央大学医学院的旧址内。学院前身为1935年的中央大学医学院，定址于南京市鼓楼区丁家桥。1937年抗日战争爆发后医学院迁至四川成都，与华西大学、齐鲁大学合作教学，并于1939年设立牙科医院，时任院长为内科学教授戚寿南。1946年中央大学在南京复校上课，医学院仍设在丁家桥。新中国成立后中央大学改名为南京大学，医学院也相应改名为南京大学医学院，设基础医学部、治疗医学部和社会医学部，附设大学医院、牙症医院，蔡翘任院长。1951年2月南京大学医学院划归中国人民解放军南京军区领导，医学院附设医院更名为解放军第84医院。

1952年南京大学医学院改名为中国人民解放军第五军医大学。1954年9月第五军医大学迁往西安，与第四军医大学合并，留下部分教师及附属医院与三所军队医科学校组建成第六军医学校。1958年7月总后勤部将第六军医学校及附属医院移交铁道部，改建为南京铁道医学院。医'学教育网|整理2000年4月14日，根据国务院的决定，南京铁道医学院与东南大学合并成立新的东南大学，原南京铁道医学院附属医院改为东南大学附属中大医院，医学院成为综合性大学的一个重要组成部分，是医学学科、生命学科、生物与医学工程学科优秀人才和创新成果的培育基地、医疗卫生服务基地和江苏省生物医药研发孵化创业中心。

东南大学医学院在丁家桥校区73年的办学历史中，大师云集、人才辈出：像潘铭紫、蔡翘、戚寿南先生等一批声名卓著的医学名家和教育家，就曾在这片土地上工作或学习过。改革开放以来，医学院为祖国培养了像贺林院士、杨焕明院士、黄钢、樊佳教授等大批优秀的高级医学人才，为国家的医疗卫生事业作出了贡献。