北京中医医院针灸中心的前身-针灸科成立于1956年，目前是国家中医药管理局和北京市的针灸学重点学科；卫生部国家临床重点专科和国家中医药管理局针灸重点专科；北京市针灸特色诊疗中心。

针灸科自建科之初，汇集了金针王乐亭、管针贺惠吾、三通贺普仁、治痛夏寿人、辨经于书庄、治神周德安等一批在全国针灸界具有较高的声誉和学术地位的针灸名家，是北京地区针灸学科的重要代表。包括金针王乐亭的针具及组方、贺氏三通法理论和火针应用、贺惠吾管针经验、于书庄经络辨证、王居易查经辨证、周德安六治经验等在全国具有影响的针灸学术特色。学科注重学术传承，围绕名医名家组织传承团队；围绕重大疾病及疑难病开展名老中医经验的疗效验证、针刺机理研究及传承推广并探索新名医培养模式。

临床上具有突出京城针灸名家特色传承的临床优势和规模。开放床位116张，形成了中风病的急重症治疗、康复治疗和针灸疑难疾病治疗三个不同特色的病区；病区的大中型诊疗设备价值逾百万元，建有NICU重症监护室（拥有功能完善的监护中心站，配备了先进的床旁多参数监护仪、除颤机、呼吸机等急症抢救设备）和康复病区（包括PT/OT康复室、语言训练室）。医'学教育网|整理于2001年率先建立突出针灸特色的“中医卒中单元”，可以开展包括急症监护抢救、针灸中药治疗、早期PT/OT康复、健康宣教等内容的单元规范化治疗。通过不断的提升，目前病床使用率109%，年收治病人数2200余人次，平均住院日16天，开展中医特色疗法41项。针灸门诊拥有治疗床位80张，开展传统针刺、灸法、拔罐和火针、放血等治疗方法；特别是开展了贺氏针灸三通法治疗和王乐亭金针治疗等该专科特色疗法。