安徽医科大学的研究机构：

截至2014年4月，该校成立了临床药理、皮肤病、卫生事业管理等65个省、校级研究所。建有1个科技部省部共建国家重点实验室培育基地，2个教育部重点实验室、13个中央（财政部）与地方共建实验室，25个省级以上（重点）实验室（工程技术中心、科技公共服务平台、人文社科研究基地）医学教|育网搜集整理，是国家药品临床研究基地。 科技部省部共建国家重点实验室培育基地：皮肤病学教育部重点实验室

省部共建重点实验室：省部共建教育部重要遗传病基因资源利用重点实验室

教育部重点实验室：抗炎免疫药物教育部重点实验室、皮肤病学教育部重点实验室

安徽省重点实验室：安徽省基因研究重点实验室、安徽省分子医学重点实验室、安徽省中药研究与开发重点实验室、抗炎免疫药理学安徽省重点实验室、安徽省重要遗传病基因资源利用重点实验室、安徽人口健康与优生省级实验室、安徽人群健康与重大疾病筛查和诊断省级实验室、安徽天然药物活性研究省级实验室、徽省口腔疾病研究省级实验室、安徽口腔疾病研究省级实验室、消化疾病安徽省重点实验室、人畜共患病安徽省重点实验室、安徽病原生物学省级实验室、安徽老年病分子医学省级实验室、安徽内分泌代谢省级实验室等

安徽省工程技术中心：安徽省天然药物活性成分工程技术研究中心、抗炎免疫药物安徽省工程技术研究中心

安徽省高校重点实验室：安徽省高校抗炎免疫药理学重点实验室、安徽省高校消化疾病重点实验室等

国家中医药管理局中医药科研三级实验室：抗炎免疫中药药理研究实验室、中药药理实验室、中药药理（心脑血管）实验室、中药化学实验室

科技公共服务平台：安徽省生物医学基础与应用科技公共服务平台、安徽省临床检测技术公共服务平台、安徽省新药安全评价中心