医疗机构制剂室应当严格遵守《中华人民共和国药品管理法》、《医疗机构制剂配制质量管理规范》（GPP）等相关法律法规和标准。具体来说，需要遵循以下几个方面的主要规定：
1. 制剂室的设立与条件：必须具备符合国家规定的生产环境、设施设备和技术力量等基本条件，并且要经过省级以上药品监督管理部门批准后方可进行制剂活动。
2. 人员管理：工作人员需具有相应的专业知识和技能，定期接受专业培训；关键岗位如质量管理人员应持有执业药师资格证书或其他相应资质证明。
3. 制剂过程控制：从原辅材料采购到成品入库的每一个环节都应当严格遵守操作规程，确保产品质量安全有效。包括但不限于原料验收、称量配制、灭菌过滤、灌装封口等步骤。
4. 质量管理与检验：建立完善的产品质量管理体系，对每批产品进行严格的检验检测，并记录存档以备查证。同时还需要定期开展内部审核和外部评估工作，持续改进质量管理流程。
5. 文件记录与追溯机制：所有生产活动必须有详细的书面记录，确保可以追溯到每一个批次产品的生产和检验过程。相关文件资料保存期限不得少于产品有效期结束后一年。
6. 安全环保措施：采取有效措施防止污染事故发生，保障工作人员健康安全；合理处理废弃物，减少对环境的影响。
7. 应急预案与事故报告制度：制定应对突发情况的应急预案，并建立及时上报不良反应或质量问题的机制。

通过上述规定，确保医疗机构制剂室能够提供符合国家标准、质量可靠且安全有效的药品给患者使用。