确诊肺炎链球菌（Streptococcus pneumoniae）感染主要依赖于实验室中的多种检测方法。这些方法包括细菌培养、生化鉴定、抗原检测和分子生物学技术等。下面详细介绍这些检测手段：
1. 细菌培养：这是最传统也是最基本的诊断方法，可以从患者的血液、痰液、脑脊液或胸水等样本中分离出肺炎链球菌。将采集到的标本接种于含有适生长因子的培养基上（如血平板），在35-37°C下孵育24-48小时后观察是否有典型菌落形成，肺炎链球菌通常会在血平板上产生α溶血环。
2. 生化鉴定：一旦从培养物中获得疑似菌株，可以通过一系列生化试验来确认其是否为肺炎链球菌。常用的生化反应包括触酶实验（阴性）、胆汁溶解试验（阳性）以及Optochin敏感性测试等。这些特性是肺炎链球菌所特有的，能够帮助与其它链球菌属细菌区分开来。
3. 抗原检测：利用免疫学原理，通过快速抗原检测试剂盒直接从患者样本中检测肺炎链球菌的特异性抗原（如C-多糖）。这种方法操作简便、结果迅速，但敏感度和特异度可能不如培养法高。
4. 分子生物学技术：随着分子诊断技术的发展，PCR等基因扩增方法也被广泛应用于肺炎链球菌感染的确诊中。通过检测样本中的特定DNA序列，可以快速准确地识别出病原体。此外，还有基于测序的鉴定方法如MALDI-TOF MS（基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱），能够提供更为精确的物种水平鉴定。

综合以上各种技术手段，并结合临床表现和其他检查结果，医生可以做出肺炎链球菌感染的确诊。在实际操作过程中，应根据具体情况选择合适的检测方法，以提高诊断效率和准确性。