引起排斥反应的主要靶抗原是人类白细胞抗原（HLA）。

在移植免疫中，供者和受者之间的组织相容性程度起着关键作用，而HLA系统是介导移植排斥反应最为重要的抗原系统。HLA抗原广泛分布于有核细胞表面，包括白细胞、血小板以及各种组织细胞等。它具有高度的多态性，不同个体之间HLA抗原的组成差异很大。

当进行器官移植时，受者的免疫系统会将供者移植物上的HLA抗原识别为外来的异己物质。这是因为受者体内的T淋巴细胞能够识别HLA抗原的不同表位。T细胞识别HLA抗原主要有直接识别和间接识别两种途径。直接识别是指受者的T细胞直接识别供者抗原提呈细胞表面完整的HLA - 抗原肽复合物，这种识别方式能够快速激活大量的T细胞，引发强烈的免疫反应，在急性移植排斥反应的早期起重要作用。间接识别则是供者的HLA抗原被受者的抗原提呈细胞摄取、加工处理后，以受者自身的HLA - 抗原肽复合物形式提呈给受者的T细胞，间接识别主要参与慢性移植排斥反应。

除了HLA抗原外，还有次要组织相容性抗原、ABO血型抗原等也能引起排斥反应，但它们的作用相对较弱。ABO血型抗原不仅存在于红细胞表面，也存在于血管内皮细胞等组织细胞表面，若供受者ABO血型不符，会导致超急性排斥反应。次要组织相容性抗原虽然引起的免疫反应相对较弱，但在HLA配型相符的情况下，也可能引发移植排斥反应。然而，总体而言，HLA抗原是引起排斥反应的最主要靶抗原，在移植前进行HLA配型对于提高移植成功率、减少排斥反应的发生至关重要。