在肾脏疾病发生时，蛋白代谢会出现多方面的显著变化。

首先是蛋白尿的出现。正常情况下，肾小球滤过膜具有分子屏障和电荷屏障作用，能够阻止大分子蛋白质滤过，使得尿液中仅有极少量蛋白质排出。然而，当肾脏发生疾病，如肾小球肾炎等，肾小球滤过膜的屏障功能受损。分子屏障破坏会导致一些中大分子蛋白质如白蛋白等滤过增加；电荷屏障破坏则使原本因电荷排斥而不易滤过的蛋白质也能通过滤过膜，从而出现蛋白尿。大量蛋白质从尿液中丢失，会导致体内蛋白质水平下降。

其次，肝脏合成蛋白质的情况会发生改变。为了弥补尿液中丢失的蛋白质，肝脏会增强蛋白质的合成。在疾病早期，肝脏合成蛋白质的增加可能在一定程度上代偿尿液中蛋白质的丢失，使血浆蛋白水平维持相对稳定。但如果肾脏疾病持续进展，肝脏合成能力无法完全代偿大量的蛋白丢失，就会导致血浆蛋白水平降低，尤其是白蛋白水平下降，进而引起低蛋白血症。

再者，蛋白质的分解代谢也会受到影响。肾脏疾病患者可能存在代谢紊乱，机体处于应激状态，会促进蛋白质的分解代谢增加。同时，一些毒素在体内蓄积，也会影响细胞内蛋白质的代谢过程，加速蛋白质的分解。而且，患者可能由于食欲减退等因素导致蛋白质摄入减少，进一步加重体内蛋白质的负平衡。

另外，肾脏疾病时，蛋白质代谢产物的排泄也会出现异常。正常情况下，肾脏能够有效排泄尿素、肌酐等蛋白质代谢产物。但当肾功能受损，这些代谢产物的排泄减少，在体内蓄积，导致血尿素氮、肌酐等水平升高，引发氮质血症，严重时可发展为尿毒症。

综上所述，肾脏疾病会从蛋白质的滤过、合成、分解以及代谢产物排泄等多个环节影响蛋白代谢，导致体内蛋白质代谢失衡。