HIV-1和HIV-2型在传播和疾病进展方面是显著不同的，HIV-2显示一种较低的性传播和母婴传播，并且较HIV-1有更长的潜伏期才发展成为艾滋病。但在HIV-1型内各亚型之间，其传播与疾病进展是否有显著性差异仍然没有明确结论。一方面，有些报道显示各亚型之间在影响其传播和疾病进展有显著差异，例如，一项在塞内加尔妇女性服务人群中的前瞻性调查显示，感染了HIV-1A亚型的妇女比感染了HIV-1其它亚型的妇女进展为AIDS的可能性少八倍。另`一项在对肯尼亚HIV-1阳性怀孕妇女群体调查也显示，HIV-1C亚型感染者比A或D亚型感染者有更高的病毒载量和较低的CD4细胞计数。而病毒载量和CD4计数是显示HIV疾病进展最重要的指标。另有报道认为，在感染C亚型的病人中大多缺乏辅助性受体CXCR4，而在B亚型感染者中，大多数具有这一受体，而具有这一辅助性受体被认为在临床上会有较快的疾病进展。另一方面，也有大量研究结果与上述结论相反，例如，在以色列的一项研究表明，B亚型和C亚型的HIV感染者其医学教育|网搜集整理疾病进展是没有差异的。另一项在瑞典的研究也表明，A、B、C及D亚型的HIV感染者其疾病进展是没有差异的。在亚型是否对HIV的传播效率有影响方面的研究结论也是如此，一方面，在泰国的一项研究显示，泰国的E亚型的性传播效率是美国B亚型的5倍，另一方面，Mastro和Shatter等人的研究结果有提示在性传播和母婴传播上，各亚型之间是没有显著差异的。