外生殖器的正常菌群较多，常有表皮葡萄球菌、甲型链球菌、肠球菌（Enterococcus）、棒状杆菌、类杆菌、奈瑟氏菌、不动杆菌（Acinetobacter）、耻垢分枝杆菌、支原体（Mycoplasma）、假丝酵母等。这些菌群也可以在男女两性的尿道口发现医学教`育网搜集整理。
阴道内菌群随内分泌变化而波动。阴道分泌物中常含有无害的微球菌。初生女婴阴道的酸碱度在5左右，主要为乳杆菌；出生后1个月至青春期，酸碱度升至7左右，主要菌群转为表皮葡萄球菌、棒状杆菌、大肠埃希菌等。青春期后，阴道酸碱度又下降，乳杆菌等重占优势，直至绝经期为止。
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