约半数以上患者无明确病因可寻，称为原发性再障。以下所述为继发性再障的可能病因。
1、化学因素包括种类繁多的药物和化学物质。国内以往氯（合）霉素所致再障的报道较多，近年随着该类抗生素应用的减少，其在再障发病中的意义已不突出。相反，接触苯及其相关制剂引起的再障病例增多，且屡有职业群体发生的情况。此外，文献中也不乏除草剂和杀虫剂暴露以及长期染发（氧化染发剂和金属染发剂）相关再障发病的报道，对此类职业或日常化学物暴露相关性再障应引起重视。化学物质引发的骨髓增生不良可呈剂量相关性和剂量非相关性（个体敏感性）。
2.物理因素γ射线和X射线等高能射线产生的离子辐射能造成组织细胞损伤，阻止DNA复制。骨髓是放射敏感组织，其抑制程度与放射呈剂量依赖性效应。全身放射l～2.5Gy剂量可造成骨髓增生不良，4.5Gy半数受照者死亡，l0Gy全部死亡。
3.生物因素流行病学调查和研究表明，再障发病可能与多种病毒感染有关，其中以病毒性肝炎最为重要。肝炎相关性再障（HAAA）多继发于非甲非乙型肝炎，发病率<1.0％，约占再障患者的3％。发病机制可能与病毒抑制造血细胞或免疫因素有关。HAAA患者多为青年男性，在肝炎恢复期发病，常表现为重型再障，预后较差。其他可疑相关病毒尚有EB病毒、微小病毒B12、巨细胞病毒、登革热病毒及HIV病毒等。
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