胃肠通过时间测定的研究显示，大多功能性便秘患者或是存在结肠通过时间减慢（提示结肠运动功能减弱）、或是存在排出通道阻滞（提示肛直肠、盆底功能障碍）。有些患者两种功能障碍均存在。对引起这些功能障碍的机制则至今未明，目前尚无证据表明在功能性便秘患者有肯定的肠神经系统神经传递介质或受体、肠神经系统一中枢神经系统轴的异常。
已知膳食纤维与粪便量密切相关，部分功能性便秘患者可能与饮食中纤维摄入不足有关。但纤维摄人不足不一定是主要因素，因为不少患者摄人纤维并不少于普通人，且即使增加饮食的纤维仍然便秘。排便习惯对便秘发生有相当影响。有研究证明有便意时刻意抑制排便，不但可导致大便次数及量的减少，且可使胃肠通过时间延长。这种不良的排便习惯可能最终导致便秘的发生。有些患者即使肠通过时间及排出道正常，但仍诉排便不畅，这可能与精神心理因素有关。
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