应注意与PBC、PSC、慢性病毒性肝炎相鉴别，此外也应注意遗传性肝脏疾病（Wilson病、抗胰蛋白酶缺乏、血色病）、药物性肝病以及系统性红斑狼疮性肝损伤。

　　（一）与PBC及PSC的鉴别三者的临床表现有相似之处，且均易合并肝外自身免疫病，故有时不易鉴别，当出现重叠综合征时，诊断更为困难。对有典型胆汁淤积表现及生化改变（ALP、GGT升高）病人，如AMA阳性和（或）组织学有典型改变即可诊断PBC；如胆管造影有胆管狭窄或扩张以及与正常胆管相间的串珠样改变并可除外肿瘤、结石、创伤、手术等继发原因即可诊断PSC.对不具上述典型表现的病人，则需依赖组织学特征及进一步的自身抗体分析进行鉴别。胆管损伤、胆管周围纤维化及汇管区胆管消失更常见于PBC及PSC；自身抗体AMA有时可与AIH的特征性自身抗体共同出现，但除AIH／PBC重叠综合征外，单独出现时则对PBC的诊断更具有意义。

　　（二）与慢性病毒性肝炎的鉴别AIH的多项表现包括高γ球蛋白血症、自身抗体和肝外自身免疫现象也常见于慢性病毒性肝炎（尤其是慢性丙型肝炎），而且AIH有时也可出现anti-HCV假阳性反应，因此两者时常不易鉴别。血清中同时出现自身抗体、类风湿因子以及冷丙球蛋白多提示为合并自身免疫现象的慢性丙型肝炎，而非自身免疫性肝炎。5％慢性丙型肝炎患者血清中可出现ANA及SMA，但两者一般不同时出现，效价多较低。偶尔也可出现anti-LKMl和anti-LCl.HCVRNA阳性是确证HCV感染的最可靠指标，AIH与慢性丙型肝炎的鉴别诊断极其重要，不恰当地使用干扰素治疗可使AIH恶化，而盲目应用免疫抑制剂又可加重丙型肝炎患者的病毒血症。